Լենա Նանուշյանն իրականացնում է`

1) հանրային առողջության ապահովման և հիվանդությունների կանխարգելմանն ուղղված աշխատանքների համակարգումը` նախարարության հանրային առողջության բաժնի, ՀՀ ԱՆ «Հիվանդությունների վերահսկման և կանխարգելման ազգային կենտրոն» պետական ոչ առևտրային կազմակերպության միջոցով,

2) Հայաստանի Հանրապետությունում առողջության համընդհանուր ապահովագրության ներդրմանն ուղղված աշխատանքների համակարգումը`  Առողջության համընդհանուր ապահովագրության հիմնադրամի և ՀՀ ԱՆ ֆինանսատնտեսագիտական վարչության միջոցով,

3) միջազգային հարաբերությունների ոլորտում նախարարության կողմից իրականացվող աշխատանքների համակարգումը` նախարարության միջազգային հարաբերությունների վարչության միջոցով,

4) Համաշխարհային բանկի հետ համագործակցությամբ «Համընդհանուր առողջապահական ծածկույթի ծրագրի իրականացում» վարկային ծրագրի շրջանակում իրականացվող աշխատանքների համակարգումը`  «Առողջապահական ծրագրերի իրականացման գրասենյակ» պետական հիմնարկի միջոցով,

5) ՄԻԱՎ/ՁԻԱՀ-ի կանխարգելման և տուբերկուլոզի դեմ պայքարի Գլոբալ Հիմնադրամի ֆինանսավորմամբ իրականացվող ծրագրերի համակարգումը` ՄԻԱՎ/ՁԻԱՀ-ի և մալարիայի դեմ պայքարի Գլոբալ հիմնադրամի կողմից ֆինանսավորվող դրամաշնորհային ծրագրերը համակարգող խմբի, «Ինֆեկցիոն հիվանդությունների ազգային կենտրոն» փակ բաժնետիրական ընկերության միջոցով,

6) առողջապահության ոլորտում ռազմավարական  պլանավորման և կատարողականի մոնիտորինգի աշխատանքների համակարգումը` նախարարության բոլոր ստորաբաժանումների և ենթակա կառույցների միջոցով: